As expressões “I rather” e “I prefer” significam a mesma coisa, ou seja, são praticamente sinônimas. Ambas são usadas para falar sobre uma preferência em uma situação específica. Portanto, digamos que em um determinado momento do dia você tem algumas opções para fazer algo. Então, demonstramos a nossa preferência usando estas palavras.

Exemplo:

I rather sweets for lunch.
Eu prefiro doces no lanche.

I rather be with them.
Eu prefiro estar com eles.

Usamos a palavra “prefer” quando estamos nos referindo às nossas preferências em geral. Isto é, quando estivermos falando de coisas que gostamos, preferimos na vida em geral, devemos usar apenas a palavra “prefer“. Exemplo:

Martina's preferred option for lunch is cupcake. 
A opção preferida da Martina para o lanche é cupcake.

Martina prefers juice than water.
Martina prefere suco do que água. 

Rather também pode significar muito. Por exemplo:

Rather freaky.
Muito louco.

Rather good.
Muito bom.